東海大学医学部では2003年度より「医局講座」の壁をとりはらって教育・研究・診療を機能的に分離し、横断的・有機的な組織体制に移行しています。研究は、ユニットとセンターによる体制で実施されています。「研究ユニット」は、講師以上のスタッフが研究資金を獲得した場合にユニット長となり組織できる研究グループです。研究ユニットは、診療領域の所属に関わりなく同じ研究プロジェクトに携わるメンバーから構成され、ユニット長のラボで研究が行われます。また本学では生命科学総合支援センターが充実しており、学内で実験委託も可能です。複数の研究ユニットに所属することも可能です。大学院生はこれらの研究ユニットに所属して、研究の指導を受けることとなります。研究ユニットの申請と成果報告は毎年行われ、業績が評価されます。

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大型研究費を取得した場合には、大学院に研究センターを作ることも可能です。研究センターは大学院医学研究科の中核拠点であると同時に、東海大学総合医学研究所を構成しています。現在、大学院研究センターは「ゲノム多様性解析センター」、「総合臨床研究センター」、「代謝疾患研究センター」、「脳・神経疾患研究センター」、「疾患モデル基盤研究センター」、「マトリックス医学生生物学センター」、「再生医学センター」、「がん幹細胞研究センター」、「分子環境予防医学センター」、「ライフケアセンター」により構成されています。総合医学研究所では毎年春に研究成果の公開報告会を開催し、また秋には１泊２日の研修会を開催して若手研究者の育成を行っています。

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内科学系では現在約30の研究ユニットが活動していますが、その中から「代謝疾患研究センター」（後藤信哉センター長）、「がん幹細胞研究センター」「再生医学センター」（安藤潔センター長）がセンター化し、それぞれスーパーコンピュータを用いた細胞代謝の制御治療・診断法確立、新規再生医療法の開発などを目指して研究を行っています。

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また内科学系では若手研究者の研究活動を支援しています。さらに2006年度からは研究推進部会を設置して、臨床研究に携わる若手医師の育成に努めています。